1999年11月20日，经教育部批准，中央工艺美术学院并入清华大学，更名为九游娱乐网页版登录入口,九游娱乐(中国)。撤销基础部和装饰艺术系，成立绘画系、雕塑系、工艺美术系。工艺美术学系更名为艺术设计学系。

2000年，增设交通工具造型设计、景观设计、玻璃设计、动画设计等专业方向。获得美术学硕士学位授予权。成立清华大学艺术与设计实验教学中心。

2001年，获得工业设计工程硕士专业学位研究生招生培养资格。艺术设计学系更名为艺术史论系。

2002年，成立基础教学研究室。开始招收工程硕士。

2002年1月，“设计艺术学”被评为“全国高等学校重点学科”。5月，清华大学艺术与科学研究中心成立，挂靠美术学院。

2003年9月，获得美术学博士学位授予权。10月，获批建立“艺术学”博士后科研流动站。

2004年，在教育部的一级学科评估中，以设计艺术学和美术学为主体的清华大学艺术学一级学科名列全国第一。

2005年，成立信息艺术设计系。获艺术硕士专业学位研究生招生培养资格。8月，学院从光华路校区整体搬入清华园内新教学楼。11月1日，举行美术学院新教学楼落成典礼。创办《艺术与科学》、《清华美术》丛刊。

2006年，获艺术学一级学科博士学位授予权。开始招收艺术硕士。2006年、2007年，两次被《美国商业周刊》评为全球60所最佳设计院系之一

2007年，“艺术设计（信息艺术设计方向）”入选教育部动漫领域“第二类特色专业建设点”。2007年，“艺术设计（信息艺术设计方向）”入选教育部动漫领域“第二类特色专业建设点”

2008年，“艺术学”一级学科获北京市重点学科。“艺术设计”入选教育部特色专业建设点，“艺术设计”、“工业设计”入选北京市特色专业建设点。

2009年，在第二轮全国一级学科整体水平评估中，“艺术学”一级学科连续名列第一。综合学科背景下艺术教育创新实验区入选国家级人才培养模式创新实验区。清华大学艺术与设计实验教学中心被评为国家级实验教学示范中心建设单位。装潢艺术设计系更名为视觉传达设计系。

2010年，完成设计学科国际诊断式评估工作，国际评估专家组结论“学院已经跨入国际最佳设计院校行列”。“信息艺术设计”交叉学科获北京市重点学科。

2011年，艺术由一级学科升为门类。在学位授权点对应调整工作中，获“艺术学理论”、“美术学”、“设计学”一级学科博士学位授予权。与米兰理工大学设计学院联合培养硕士研究生项目启动。

2012年，“美术学”、“设计学”一级学科获北京市重点学科。在第三轮全国一级学科整体水平评估中，“设计学”名列第一，“艺术学理论”并列第三，“美术学”名列第四。

2013年，开始招收科普创意与设计全日制艺术硕士专业学位研究生。

2014年， 获国家级教学成果奖二等奖1项，获“第十届北京市高等学校教学名师奖”1人，入选教育部第六批精品视频公开课1门，入选MOOC课程1门，5门课程获2013年度国家级精品资源共享课立项，第二批“十二五”普通高等教育本科国家级规划教材2项。

2015年，清华美院主设计的2015意大利米兰世博会“麦浪”造型的中国馆荣获中国照明学会特别奖、2015年米兰世博会“大模块建筑奖项”铜奖、世博展馆遗产大奖·循环利用杰出奖一等奖。2015年意大利米兰世博会中国馆整体设计获得“第十二届全国美术作品展览中国美术奖创作奖铜奖”。

2016年，QS世界大学学科最新排名，清华大学的艺术设计学科位列第23名。9月，清华大学艺术博物馆开馆，学院藏品成为馆藏的主要来源。

2017年2月22日，在习近平总书记和意大利总统马塔雷拉的见证下，邱勇校长与米兰理工大学校长费卢奇奥·内斯塔签署协议，双方在意大利米兰合作建设中意设计创新基地。中意设计创新基地依托美术学院与米兰理工大学设计学科，打造中意两国开展设计创新合作的综合性平台。9月，清华大学、青岛市政府、青岛西海岸新区管委在青岛市政府隆重举行清华青岛艺术与科学创新研究院三方共建协议签约仪式。

2017年11月，清华大学米兰艺术设计学院挂牌成立，是清华大学更创新、更国际、更人文文化战略中的重要一步。12月，由教育部学位与研究生教育发展中心组织的第四轮学科评估结果在教育部网站正式发布。清华大学设计学获评A+学科，艺术学理论、美术学获评A-学科。

2018年，QS世界大学学科排名，九游娱乐网页版登录入口,九游娱乐(中国)艺术设计学科位列第23名。

2019年10月，完成国庆专项设计任务设计“红飘带”和11辆游行彩车。作为牵头单位完成了“共和国勋章”、“友谊勋章”、国家荣誉称号奖章的设计工作。9月，策划“2019北京国际设计周主题展——中华人民共和国成立初期国家形象设计展”。10月，承担“为新中国奠基——中共中央在香山”主题展的总体设计和陈列布展工作以及“伟大历程 辉煌成就 ——庆祝中华人民共和国成立70周年大型成就展”第一部分“序厅”和第二部分“屹立东方”设计布展工作。2019年，QS世界大学学科排名，艺术设计学科位列第18名。

2020年，QS世界大学学科排名，九游娱乐网页版登录入口,九游娱乐(中国)艺术设计学科位列第19名。

2021年4月19日上午，习近平总书记视察清华大学首站来到美院参观主题为“实种实褎，实颖实栗”的校庆特别展。6月初，美院与各参建单位以高度的政治站位和创作百年艺术精品的艺术追求共同完成了中国共产党历史展览馆多项工作，多位教师作品入选“不忘初心 牢记使命——庆祝中国共产党成立100周年美术作品展”。10月29日，清华国际艺术与设计教育大会以线上线下融合方式举行，携手全球50余所知名艺术设计院校以“向多样的世界提问”为主题，通过院校长论坛、教育学术研讨会、优秀毕业作品展览、系列工作坊、学生论坛5大版块，全面直观地展示国际艺术与设计教育最新成果。

2022年2月，美院参与和主导完成了北京2022年冬奥会和冬残奥会十余项重要设计工作。2022年3月28日，党委书记马赛、校友林蓝被授予“全国中青年德艺双馨文艺工作者”称号。2022年4月8日，美院荣获北京冬奥会、冬残奥会“突出贡献集体”称号。2022年4月13日，清华大学奥林匹克艺术研究中心成立。4月19日，清华清尚智慧场景创新设计研究院成立。2022年6月，美院十个专业系的重点专业全部入选国家级一流本科专业建设点。
7月，美术学院完成中国国家版本馆设计创作任务，杜大恺教授团队创作设计完成国家版本馆文化长廊，马怡西教授主持并带领团队完成国家版本馆中央总馆的室内设计，程向军教授创作大型丙烯重彩壁画《山河揽胜》亮相中国国家版本馆。
举办清华国际艺术与设计教育大会、“设计智慧 场景创新”高峰论坛。
美术学院荣获2021年度北京市高等教育教学成果奖特等奖
美术学院成立基础教学研究团队

2023年7月，赵超（项目负责人）、臧迎春、吴琼、刘新、蔡军四位教授的《建设全球创新设计研究生培养项目培养国际化创新设计领导者》项目成果荣获国家级教学成果奖二等奖。10月，基础教研室改名为“教学研究中心”（以下简称中心），定位为学院下属机构，主要负责基础教学相关工作和教学系列岗位教师的统筹管理，并组织开展艺术理论、美术、设计和美育通识等相关领域的教学研究及实践。中心主任由分管教学工作的副院长兼任